De Marine nam in de jaren 50 de beveiligingstaken over van de landmacht nadat er nog steeds geen duidelijkheid was tussen Nederland en Indonesië over de staatkundige status van Nederlands Nieuw Guinea. Nederland wilde zorgen voor onafhankelijkheid maar Indonesië wilde Nieuw Guinea aan zich binden. In 1954 ontstond er een strijd tegen de Indonesische infiltranten die het land overspoelden. Vanaf 1952 was Indonesië al begonnen met kleine infiltraties. In de loop van de jaren gebeurde dit steeds vaker. Hierdoor werd de marinierseenheid uitgebreid met alle soorten transportmiddelen om snel te reageren op de dreigende situaties, zoals verschillende vaartuigen en watervliegtuigen.

De Nederlandse sterkte was uiteindelijk ongeveer 10.000 man marine, landmacht en luchtmacht. Indonesië had echter ongeveer 30.000 man gereed staan. Uiteindelijk heeft Nederland onder deze druk en het uitblijven van steun van de Amerikanen de handdoek in de ring gegooid.

Een triest verhaal kleeft er aan de laatste dag voor het staakt het vuren werd afgekondigd. Een patrouille van mariniers raakt op deze laatste dag verwikkeld in een vuurgevecht en ondervindt hevige weerstand. Hierbij laat de marinier Mannie het leven. Bij deze actie wordt de marinier Elgers onderscheiden met het Bronzen Kruis door met gevaar voor eigen leven de marinier Mannie uit de gevarenzone te halen, helaas was deze al overleden.

In 1962 deed Nederland afstand van zijn laatste gebied in Azië en werden de Nederlandse strijdkrachten teruggetrokken. Na de overdracht van Nieuw-Guinea aan Indonesië leek er geen bestaansrecht voor het Korps meer te zijn. Door het lidmaatschap van de NAVO, met daarin de nadruk op de beveiliging van de zeevaart op de Atlantische Oceaan, werd zelfs in de jaren 60 gedacht het Korps op te heffen. Door de oprichting van een "koudweer" getrainde compagnie in het begin van de jaren 70 , kreeg het Korps echter een nieuwe bestemming. Samen met troepen van NAVO-bondgenoten werden mariniers voortaan ingezet op de "flanken" van de NAVO.